COVID19 - Políticas para la supresión

Mariano Crosetti
14 min readAug 14, 2020

El objetivo es realizar un compendio de políticas con respaldo científico que apunten a la supresión del virus en una región.

Provincias como Santa Fe o Córdoba con urbes considerables demostraron de marzo a junio que la supresión es factible.

Ampliar el sistema de salud (sobretodo aumentando capacidad de terapias y respiradores) es necesario para evitar el colapso y consecuentes muertes por falta de asistencia. No obstante, el riesgo de fallecer una vez ingresado a cuidados intensivos y/o respiración asistida es tan alto que es primordial evitar contagios como primer medida.

Composición de Terapias Intensivas y Asistencia Respiratoria obtenida a partir de los datos públicos del Ministerio de Salud de Argentina al 07/08/2020

Las políticas mencionadas no sustituyen las medidas de distanciamiento social. El modo de vida anterior a la pandemia sólo se verá restituido con la vacunación. Las noticias recientes arrojan luz al final del túnel al respecto. Algunas de las medidas que proponemos podrían mientras tanto, evitar una catástrofe.

Políticas a considerar

Presentamos una tabla con una selección de políticas con evidencia de alta efectividad.

Desarrollaremos cada una y los pasos a seguir para implementarlas en las secciones siguientes. Al finalizar está el contacto del autor para cualquier consulta.

Aislar contactos estrechos mientras se espera diagnóstico

Investigadores de CONICET Germán J. Soldano, Juan A. Fraire, Rodrigo Quiroga concluyeron que donde las demoras de diagnósticos alcancen 4 días es fuertemente recomendable buscar y aislar contactos estrechos al momento que se ingresa el sospechoso al sistema, sin esperar los resultados del diagnóstico.

Según lo reportado en sus informes es equivalente a triplicar la eficacia del rastreo y reducir los contagios a la mitad, demandando el doble de rastreadores.

Éste resultado coincide con el artículo de la Universidad de Oxford publicado en la revista Science donde se sugiere que para controlar la epidemia con rastreo instantáneo se necesitaría identificar y aislar al 50% de los contactos estrechos. Si la demora es de 3 días se necesitarían 70% — 85%

EDIT 09/09: Pedo Cahn (infectólogo asesor del gobierno y fundador de Fundación Huésped) recomienda la estrategia de aislar contactos estrechos sin esperar el resultado del diagnóstico.

Pool testing

Consiste en agrupar varias muestras y hacer un test al grupo. Si este resulta negativo se descarta el grupo entero.

Permite ahorrar de 5x a 10x en kits reactivos. Es eficaz en sitios de baja prevalencia (como instituciones cerradas).

Video explicativo de pool testing con grupos cruzados. El pool testing ya se usa en provincias de Buenos Aires, Salta y Tucumán.

Existen protocolos que describen de forma precisa cómo adaptar el sistema de testeo para implementarlo y cálculos de umbrales de prevalencia que determinan cuándo es posible agrupar muestras y cómo ajustar las variables (como el tamaño de los pools).

Doctores Roberto Etchenique (UBA) y Daniela Hozbor (UNLP) se pusieron a disposición de laboratorios que desearon implementarlo. Para hacerlo sería pertinente consultar a la Red de laboratorios de diagnósticos de Covid-19.

Escalar la capacidad de rastreo manual

El rastreo manual de contactos ha demostrado ser eficaz para el control de la pandemia y esencial para zonas que apunten a la supresión. En Argentina -sobre todo en zonas todavía poco afectadas- podemos aprovechar la ventaja para apoyarnos en la experiencia internacional.

Debe ser realizado personal entrenado para ese fin y nunca por personal médico. La CDC posee una página con recursos acerca del rastreo:

  • Cómo entrenar rastreadores efectivos: acciones claves, consejos comunicacionales, entendimiento del marco socio económico del aislado, compromiso con la privacidad.
  • Documentación del protocolo de rastreo y seguimiento de casos.
  • Herramienta de evaluación de recursos necesarios para 3 estrategias de rastreo distintas (algunas más exhaustivas) según cantidad de casos.
  • Métricas para monitorear y evaluar la efectividad.

Los últimos dos puntos son de extrema importancia: es fundamental apoyarse en investigaciones y la experiencia internacional y no reinventar la rueda.

No se debe ignorar la evidencia acerca de un prolongado período de incubación, proporción elevada de asintomáticos(entre 40% y 60%) y evidencia reciente que muestra que éstos últimos portan cargas virales tan altas como la de personas con síntomas. Esto define dos políticas de rastreo a considerar:

  • No testear contactos estrechos: reduce los contagios 40% — 60%
  • Testear contactos estrechos: reduce los contagios hasta 85%. (referencias[5] y [6])

Finalmente es importante recalcar que la evaluación de recursos deberá anticipar una evolución pesimista de los contagios para evitar el colapso. De escalar a ~1000 casos diarios, se necesitarán por lo menos 5000 rastreadores trabajando incluso fines de semanas y con la misma eficacia de Wuhan, China. Participó en la orquestación, evaluación y proyección de equipos de rastreo Rodrigo Quiroga (CONICET) que puede ser consultado.

Backward contact tracing

(EDIT 24/10) Nuevos estudios arrojan una interesante insight: por el rol protagónico que tienen los supercontagiadores en la propagación del virus (la distribución del R0 tiene una gran dispersión) parece ser más efectivo identificar/aislar la fuente del contagio que los contactos estrechos. A este tipo de rastreo de contactos se lo llama backward contact tracing (por rastrear hacia atrás en la red de posibles contagios) en contraposición de la estrategia forward o hacia adelante.

Un 10% de los contagios puede ser responsable del 80% de los contagios según nota del diario El País. Ahí se señala la importancia del backward contact tracing.

Rastreo de contactos con soporte tecnológico

Incluso la mayoría de los países occidentales (con políticas de privacidad más fuerte que en oriente) han implementado soluciones tecnológicas como soporte al rastreo de contactos. No suplantan al rastreo manual en ningún lugar del mundo, pero pueden bajar la carga al sistema de rastreo en un 50% y reducir en un 60% los contagios. Una ventaja de las soluciones tecnológicas es que pueden escalar a la misma velocidad exponencial que el virus.

MIT hizo una comparación de las aplicaciones de soporte tecnológico según aspectos de privacidad.

Geolocalización

Las tecnologías basadas en geolocalización fueron las primeras en aparecer, en China. Reportan la ubicación de los individuos en cada momento y luego esa información se cruza para determinar los contactos. Desde el punto de vista de la privacidad es extremadamente invasiva. Además es imprecisa, sobretodo en lugares cerrados. Computacionalmente es muy costosa, ya que requiere calcular entrecruzamientos de miles de millones de datos.

El GPS ha sido utilizado también -en una práctica mucho menos invasiva- para recordar al usuario (consultando su propio dispositivo celular) en dónde estuvo los últimos días, en entrevistas telefónicas de rastreo manual.

Bluetooth

Usan la tecnología bluetooth de los teléfonos celulares para comunicarlos si se encuentran a una distancia próxima y registrarse mutuamente como contactos estrechos.

Los teléfonos próximos intercambian claves criptográficas y no información personal, en un protocolo que preserva la seguridad y privacidad. Además existen soluciones descentralizadas que no dependen de informar a una entidad central. De este modo es una solución que respeta mucho más la privacidad. Computacionalmente es de bajo costo al hacer los entrecruzamientos en cada teléfono.

Google y Apple se aliaron para implementar una solución bluetooth segura y que respetara la privacidad dentro de sus sistemas operativos (abarcando prácticamente la totalidad de los usuarios de smartphones).

La contra cara respecto a la tecnología GPS es que no habilita el reporte de posibles contagios indirectos (los sujetos deben estar al mismo en el mismo lugar). Además no permite notificar a contactos de orden superior. Podría suceder que ante la suba de contagios se decida aislar a quienes estuvieron a distancia 2 de un caso positivo en la red de contactos.

QR Scan

Otra solución se basa en registrar manualmente los sitios que se visita. Puede parecer engorroso pero es fácil si se implementa mediante el escaneo de códigos QR en la entrada de los edificios. Incluso se puede sectorizar por habitaciones y aplicar en reuniones afectivas. Países como Nueva Zelandia, han optado por ésta solución.

Es incluso menos invasiva que las soluciones Bluetooth. Los usuarios pueden entender lo que se está haciendo (no lo ven como una caja negra): es un reemplazo a un anotador manual de lugares visitados. Información que ya se solicita en muchos sitios como bares, restaurantes e instituciones. Respecto sobre algunos métodos manuales, es incluso más seguro:

Las soluciones manuales de rastreo de contactos y ubicación no están exentas de presentar fallas de seguridad.

También es más eficiente en cuanto a la transmisión de información que las dos soluciones anteriores ya que sólo se transmite información útil. Como contracara está el hecho de que resulta más engorroso para el usuario escanear códigos QR cada vez que ingrese a un sitio (edificio, transporte, etc).

Existen soluciones como la desarrollada por la fundación Zerobase que reconstruyen la red de contactos en un servidor central. Esto permite:

  • Dar soporte a posibles contactos por contaminación indirecta.
  • Aislar a contactos de distancia 2 -o superior- a un confirmado.
  • Calcula un tablero con métricas anónimas de la red de contactos facultando ver el nivel de acatamiento del distanciamiento social y predecir dónde y cuándo va a ocurrir el siguiente brote.

El desarrollo de Zerobase respeta la privacidad (es H.I.P.P.A. certificado) ya que nunca se carga información personal a la aplicación (se maneja con nombres de usuarios que son pseudónimos). Además:

  • Se usa del navegador, no requiere instalar nada en el celular.
  • Los establecimientos solo deben imprimir un QR (no requiere tecnología).

El proyecto es completamente open source y está registrado con licencia MIT, por lo que permite hacer modificaciones y adaptaciones. La fundación tiene una instancia funcional y en producción y se está utilizando en instituciones para evitar el rastreo manual por videocámaras que suele hacerse cuando se confirma un caso. No obstante está la posibilidad de hostear una instancia propia. La contracara tecnológica es que utiliza tecnología privativa: AWS (Amazon) y Firebase (Google). De todos modos si lo comparamos con la aplicación Cuidar que hasta hace muy poco tiempo no era de código abierto y utiliza aún hoy estas mismas tecnologías privativas, Zerobase es un rotundo sí: es una fundación internacional sin fines de lucros y sus socios tecnológicos son HDSI (Hardvard Data Science Initiative), MPG (Max Planck Institute for Intelligent System) y NECSI (New England Complex System Institute).

Comparativa y consideraciones

No existe una tecnología ideal sino que hay que evaluar sus pros y contras y analizar su factibilidad en cada Estado.

En el caso particular de la Argentina aconsejamos que:

  • Soluciones de rastreo GPS sean dejadas de lado. El riesgo a la privacidad es alto y son difíciles de implementar computacionalmente. Podría considerarse recomendar activar el historial de ubicaciones en el teléfono como ayuda memoria a la hora de ser contactados por rastreadores.
  • Soluciones bluetooth sólo funcionarán si se utiliza algo ready to go. Los detalles técnicos para desarrollar una aplicación autóctona que conserve la privacidad y sea precisa son complejos (aún cuándo los documentos de los proyectos Google y Apple son abiertos). Podría considerar adherirse a éstas soluciones que ya tienen un protocolo estudiado (DP-3T), para lo cuál lo mejor sería que las agencias gubernamentales se pusieran en contacto con estas compañías.
  • Soluciones QR se ajustan en mejor medida a la realidad de nuestro país. Nos inclinamos por soluciones como las de Zerobase que no necesitan instalar software en los celulares. Es necesario ser realistas y entender que desarrollar una solución propia significa sobrecargar la situación crítica que transitamos: lo mejor es adoptar algo ya hecho y hostear una instancia propia a la cuál solo pueda acceder el gobierno. Zerobase tiene la ventaja de poder monitorear la red de contactos, midiendo la efectividad y aislar contactos de distancia 2 si se decide incrementar el nivel de alarma.

Toda solución dependerá del grado de adopción conseguido. En este sentido recalcamos:

  • Se ha estudiado que es importante la obligatoriedad del reporte de la enfermedad (conectarla con los efectores de salud que para reportar automáticamente los resultados): si se confía en el trabajo del usuario se consigue muy poca adhesión. No por reticencia al método sino por falta de voluntad de hacerlo (algo parecido a lo que pasa con la donación de órganos que se ha llegado a incrementar de 15% a 90% sólo con determinar que por defecto una persona es donante si no se declara).
  • Es importante evitar cometer errores que lesionen la confianza de los usuarios. En UK una primera implementación recibió una adherencia del 50% de la población (pese a que la población europea es muy preocupada respecto a la privacidad). Esta primera implementación tuvo severas fallas de precisión y ahora les está siendo difícil adoptar una nueva versión. Es una de las razonas por las que juzagamos que no hay margen para reinventar la rueda. Los reportes de robos por mal manejo de información en los datos proveídos a bares y restaurantes en Rosario están causando ya que mucha gente mienta en los datos declarados.

El mejor momento para implementar rastreo de contactos era el mes pasado, el segundo mejor momento es hoy y el mes que viene quizás sea demasiado tarde.

Impulsar Prácticas Sociales Seguras (en construcción)

Para incentivar a la población a cuidarse muchos gobiernos están reconociendo que una posición proactiva es más efectiva. Y tienen a consideración:

  • El estado no puede estar presente en todas partes. Es necesario empoderar la adherencia ciudadana.
  • Fomentar una política punitiviasta del control en la pandemia sólo fomenta el encubrimiento de información, como mentirle a los rastreadores. Se debe usar con cautela para casos críticos como la vigilancia de fronteras (inter- e intra- nacional) y violación de protocolos por parte de instituciones.
  • No todas las actividades tienen el mismo riesgo y las prohibiciones en general generan más transgresiones que las que previenen. Es necesario estratificar riesgos, permitir actividades de bajo riesgo y promover actividades no riesgosas. Un ejemplo de ello es lo que sucedió con los corredores en CABA donde muchos infectólogos aseguraban la carencia de riesgo al correr en espacios abiertos y sin compañía. La prohibición mera sólo incentivó a hacer la actividad en espacios más reducidos como en terrazas de edificios.

Siguiendo la línea de este último punto es necesario entender las necesidades psíquicas, emocionales y económicas, así como la realidad de cada sector de la sociedad. Es necesario que comunicar que existen prácticas más riesgosas que otras y que cuidarse no es cuestión de blanco o negro y que aún cuando uno no pueda respetar totalmente el aislamiento con sus afectos existen prácticas de alto riesgo (dar besos, tomar mate, compartir vasos o cubiertos) que pueden ser evitadas fácilmente.

Se ha propuesto una batería de medidas de prácticas sociales seguras que es necesario observar su eficacia como: la creación de burbujas sociales o la limitación voluntaria del número de encuentros afectivos, círculos de distanciamiento en los parques. Estas medidas tratan de mitigar riesgos sin prohibir totalmente ciertas actividades.

A todo se se le sumó la gran incertidumbre por falta de evidencia que supone una enfermedad nueva: eficacia de los métodos de protección (recordar que la OMS desaconsejó el uso de mascarillas en un primer momento), formas de transmisión (hace menos de un mes la OMS reconoció la posibilidad de transmisión aérea en lugares como gimnasios y reasturantes), la cantidad de pacientes asintomáticos (ahora se cree que hasta un 60% puede serlo) y los niveles de carga viral en asintomáticos (podría ser el mismo que en los sintomáticos).

Casos reportados de transmisión aérea (ver referencias [11] y [12])

Ahora, por ejemplo, se conoce el importante rol que juegan los supercontagiadores y se sabe que las actividades que respeten la distancia son mucho más seguras al aire libre. Es necesario estar en la vanguardia del conocimiento de la enfermedad para crear políticas y recomendaciones que hagan hincapié en promover lo que está permitido hacer y no solamente en lo que está prohibido.

Conclusiones

Como resumen del artículo podemos listar:

  • La supresión del virus es factible en zonas de relativa baja prevalencia.
  • Frenar el contagio es prioritario y no sólo en escalar el sistema de salud.
  • Existe una batería de políticas de relativo bajo costo en relación al poder de supresión que muestra la evidencia.

Como cierre queremos volver a recalcar que ninguna de estas políticas sustituye las medidas de distanciamiento social esenciales para combatir la pandemia.

Contacto

Mi nombre es Mariano Crosetti (marianocrosetti1993@gmail.com). Soy programador, científico de datos y estudiante de Ciencias de la Computación de la UNR.

EndCoronaVirus es una organizacion respaldada por New England Complex Systems Institute (NECSI)

Ser desarrollador en www.covidargentina.com.ar, analista de datos de la pandemia y voluntario en EndCoronaVirus me puso en contacto con analistas y referentes, y en contacto diario con artículos y reportes de última actualización acerca del COVID19.

Mi objetivo es tender puentes con las agencias públicas y presentar de forma digerida y sintética la información que considero más relevante.

Referencias

[1] Telam.com.ar. 2020. Ya Se Realizan Pruebas Piloto De Testeos Grupales En La Provincia De Buenos Aires.

[2] PAGINA12. 2020. Coronavirus: El Video Que Muestra Cómo Funciona El Pool Testing Para Testear Más Sin Exámenes Masivos | El Sistema Ya Funciona En Alemania, Israel Y La Provincia De Buenos Aires.

[3] CONICET, Germán J. Soldano (german.soldano@unc.edu.ar), Juan A. Fraire (juanfraire@gmail.com) y Rodrigo Quiroga (rquiroga@unc.edu.ar) Esperar el diagnóstico positivo de COVID-19 para aislar contactos
reduce drásticamente la eficacia del rastreo y aislamiento

[4] Infobae. 2020. Tomás Pueyo, La Voz Más Influyente Contra El Coronavirus: “No Tiene Lógica Aplicar Una Cuarentena Durante Meses Porque Cuesta Demasiado” (el título está sacado de contexto pero el contenido es bueno)

[5] SCIENCE08 MAY 2020 | “Quantifying SARS-CoV-2 transmission suggests epidemic control with digital contact tracing” BY LUCA FERRETTI, CHRIS WYMANT, MICHELLE KENDALL, LELE ZHAO, ANEL NURTAY, LUCIE ABELER-DÖRNER, MICHAEL PARKER, DAVID BONSALL, CHRISTOPHE FRASER

[6] Pueyo, T., 2020. Coronavirus: Cómo Hacer Las Pruebas Y El Seguimiento De Contactos.

[7] Max Planck Institute| “A Spatiotemporal Epidemic Model to Quantify the Effects of Contact Tracing, Testing, and Containment” Lars Lorch, William Trouleau, Stratis Tsirtsis, Aron Szanto, Bernhard Schölkopf, Manuel Gomez-Rodriguez

[8] Google. 2020. Apple And Google Partner On COVID-19 Contact Tracing Technology.

[9] Harvard | “Outpacing the Virus: Digital Response to Containing the Spread of COVID-19 while Mitigating Pricacy Risk” Vi Hart, Divya Siddarth, Bethan Cantrell, Lila Tretikov, Peter Eckersley, John Langford, Scott Leibrand, Sham Kakade, Steve Latta, Dana Lewis, Stefano Tessaro, Glen Weyl

[10] Ministery of Health Health.govt.nz. 2020 | COVID-19 Contact Tracing QR Code Specification

[11] CDC Research Letter 2020 | “Coronavirus Disease Outbreak in Call Center, South Korea” Shin Young Park, Young-Man Kim, Seonju Yi, Sangeun Lee, Baeg-Ju Na, Chang Bo Kim, Jung-il Kim, Hea Sook Kim, Young Bok Kim, Yoojin Park, In Sil Huh, Hye Kyung Kim, Hyung Jun Yoon, Hanaram Jang, Kyungnam Kim, Yeonhwa Chang, Inhye Kim, Hyeyoung Lee, Jin Gwack, Seong Sun Kim, Miyoung Kim, Sanghui Kweon, Young June Choe, Ok Park, Young Joon Park, and Eun Kyeong Jeong

[12] CDC Research Letter 2020 | “COVID-19 Outbreak Associated with Air Conditioning in Restaurant, Guangzhou, China, 2020” Jianyun Lu1, Jieni Gu1, Kuibiao Li1, Conghui Xu1, Wenzhe Su, Zhisheng Lai, Deqian Zhou, Chao Yu, Bin XuComments to Author , and Zhicong Yang

[13] JAMA Intern Med | “Clinical Course and Molecular Viral Shedding Among Asymptomatic and Symptomatic Patients With SARS-CoV-2 Infection in a Community Treatment Center in the Republic of Korea” Seungjae Lee, MD1; Tark Kim, MD2; Eunjung Lee, MD1; et al

[14] La Capital. Septiembre 2020. |“Rosario ya apretó el botón rojo”, dijo el infectólogo Pedro Cahn, sobre la pandemia.

[15] The Atlantic. Septiembre 2020 Tufekci, Z. | “This Overlooked Variable Is the Key to the Pandemic.

[16] Indiana University, University of Vermont, Technical University of Denmark and University of Copenhagen |“The effectiveness of backward contact tracing in networks” | Sadamori Kojaku, Laurent Hebert-Dufresne, Enys Mones, Sune Lehmann and Yong-Yeol Ahn.

[17] El País | 27 Octubre 2020 | “El factor K: por qué importa dónde nos infectamos”

--

--

Mariano Crosetti

NLP & Computer Vision Engineer 🧠 Only posts that add VALUE to GROWTH as SWE AI / ML 📈 ICPC LATAM Champion 🏆 (defeated Berkeley, Stanford & ETH) Ex-@Google